L’attività editoriale dell’Ateneo si andò organizzando negli anni Sessanta del Novecento, con la costituzione di collane tematiche, alcune organiche, altre più sporadiche.
Tra le prime vanno senz’altro annoverate le Edizioni dell’Ateneo Veneto, che nell’arco di una decina d’anni hanno visto uscire alcuni titoli di argomento specificatamente artistico.
Tra le seconde – più effimere, chiuse dopo le prime uscite – vi sono la Collana di poesia nei dialetti veneti, in cui Ugo Fasolo raccolse l’Antologia di poesie nei dialetti veneti, presentati tra 1961 e 1970, e il Premio Marta;  i Quaderni dell’Ateneo Veneto, di argomento vario – atti di convegno, cataloghi di biblioteche, cataloghi – spesso promossi o raccolti, tra il ’66 e il ’69 dall’allora Vicepresidente e storico del teatro Nicola Mangini.

Progressivamente, alcune di queste collane, come le Edizioni dell’Ateneo Veneto e Venezia e le culture dell’Oriente sono confluite nella Collana di Studi: istituita nel 1987 durante la presidenza di Alessandro Bettagno, venne inaugurata con l’importante studio di Marino Zorzi su La Libreria di San Marco. Da allora sono usciti tredici titoli, tra studi di grande respiro, opere di ricerca e monografie, romanzi e saggi.
Altra collana recente è Ricerche Storiche, che riunisce tutte le pubblicazioni di materia storica – sia in senso stretto, che dell’arte o della letteratura – frutto di ricerche originali, atti di convegni particolarmente importanti o ampi (come quelli su Paolo Sarpi o Daniele Manin), cicli di conferenze istituzionali. Sotto la recente collana di Ateneo Veneto libri si raccolgono invece titoli di ristampe come la Guida alle opere d’arte della Scuola di San Fantin e gli Itinerari per Venezia e Mestre, o opere multimediali come le due partiture musicali di Claudio Ambrosini.